本案中，一审法院认定2003年中医院和楚雄拨云药业签订的转让合同以及2011年四方（中医院、楚雄拨云药业、彝药研究所、昆明老拨云堂）签署的确认书有关技术秘密转让的合同内容有效，进而认定楚雄拨云药业是紫灯胶囊技术秘密的拥有者，笔者认为，一审法院正确区分了药品批准文号转让的违法性和药品技术秘密转让的合法性，并区分了合同中无效部分与有效部分的关系，作出了正确的认定和裁判；遗憾的是，本案二审程序和再审程序在药品批准文号转让与药品技术秘密转让合同效力及二者关系认定方面上出现了偏差，具体表现为合同解释规则适用错误以及合同权利义务转让效力判断规则错误两个方面。

首先，该院错误运用合同解释之文意解释规则，忽略了整体解释和目的解释规则。该院认为，“双方在该合同第5条约定的‘让与方转让的技术秘密内容要点’明确载明:‘将紫灯胶囊药品注册批件及批准文号由楚雄雁塔药业有限公司转让至昆明老拨云堂药业有限公司’。由此可见,该合同的转让标的是紫灯胶囊的药品注册批件及批准文号而非紫灯胶囊的技术秘密,而该合同第6条所约定的“技术秘密资料”,只能视为因转让上述药品注册批件和批准文号而将紫灯胶囊的技术秘密资料附随移交给受让方,不能视为转让紫灯胶囊技术秘密；而且,双方在该合同第7条关于‘让与方许可受让方在合同生效后使用本合同涉及的技术秘密；’的约定也再次证明,该合同转让的并非紫灯胶囊技术秘密,否则,就不应该出现‘受让方’在该合同生效后使用紫灯胶囊技术秘密还需得到‘让与方’许可的约定。”根据文意解释规则，合同双方当事人将合同名称确定为“技术秘密转让合同”、在合同第6条明确约定移交“技术秘密资料”、第7条约定受让方使用涉案技术秘密，在没有相反证据的情况下，上述约定具有约束力，应根据词句文意本身确定双方关于技术秘密转让的一直意思；本案二审法院认定完全相反，在没有任何相反证据的情况下，否定了上述词句的文意。根据目的解释规则，双方当事人签署技术秘密转让协议的目的是涉案药品技术秘密的转让而非药品批准文号的转让，换言之，对受让方而言，取得药品批准文号并无任何经济价值；同时，转让方履行合同的行为以及事后的确认，近一步印证其转让的是药品的技术秘密而不是批准文号，二审法院并未深入考察涉案合同双方当事人的签约目的。根据整体解释规则，涉案药品技术秘密转让合同的主要权利义务是技术秘密转让和相应对价的交付，批准文号的转移是从属于技术秘密转移的从权利义务；二审法院恰好作出了相反的认定，颠倒了涉案药品技术秘密转让合同的主从关系，并进而以从权利义务合同无效否定了主权利义务合同效力，是极为不妥当的。最高人民法院在本案再审程序中，维持了二审法院涉案2003年合同转让药品批准文号而非技术秘密的观点，并以违反法律强制性规定为由否定了该合同整体效力，未区分批准文号转让的违法性和技术秘密转让合法性。

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